A Labrisz Leszbikus Egyesületet hivatalosan 1999-ben jegyezték be, de az a csoport, amely megszervezte az egyesületet, 1996 óta szervezett találkozókat, beszélgetéseket. Néhány leszbikus nő nemhivatalos, fénymásolt lapot jelentetett meg, és később beszélgetéseket szervezett az olvasóknak. A csoport havonta találkozott, és a Labrisz-esteken összegyűlt nők közül tízen alapították meg az egyesületet.

Az egyesület legfontosabb tevékenységei a közösségszervezés (beszélgetőestek, egyéb közösségi programok), az LBTQIA nők láthatóságának erősítése (fesztiválok, kiadványok, herstory archívum), a leszbikus kultúra ápolása filmeken és más alkotásokon keresztül, valamint a társadalmi párbeszéd elősegítése publikációkon, ismeretterjesztésen, képzéseken keresztül.

Az egyesület első tevékenysége a (nyomtatott) Labrisz hírlevél összeállítása és terjesztése, valamint a  havi  Labrisz-estek megszervezése volt. Társ-alapítói lettünk a Budapest Pride fesztivált szervező Szivárvány Misszió alapítványnak, 2005-ben pedig elindítottuk a LIFT fesztivált. Könyveket adtunk ki: a Leszbikus tér/erő című esszékötet a leszbikus történelemről és politikáról szól, a Szembeszél: Leszbikusok a szépirodalomban verseket és novellákat tartalmaz, az Előhívott önarcképek leszbikus nők önéletrajzi írásait, az Eltitkolt évek pedig 16 leszbikus életútinterjút tartalmaz.

Az egyesület „Melegség és megismerés” iskolai programja 2001-ben indult és 2022-ig működött. 2003-ban kiadtuk a Már nem tabu, majd 2018-ban a Még mindig tabu? című tanári kézikönyvet. 2023-ban indítottuk el új oktatási programunkat a “Tabuk Nélkül” programot, amely elsősorban fiatalokkal foglalkozó szakemberek számára kínál képzéseket. 2008-ban társ-alapítói voltunk a Civil Kurázsi programnak, majd 2016-ban az Emberi Jogi Nevelők Hálózatának. 

2007 őszén indítottuk a Gobbi Hilda filmklubot, ahol leszbikus témájú filmeket vetítünk, utána beszélgetéssel.